Sebelumnya, kebakaran pertama kali terjadi pada salah satu kapal yang sedang bersandar di Dermaga Batere pada hari Selasa (3/5) pukul 17.10 WIB, yang diawali dengan ledakan dari kapal tersebut.
Tidak lama berselang, kobaran api merambat ke kapal-kapal lain yang sedang bersandar di Dermaga Batere. Bahkan, kebakaran meluas hingga Dermaga Wijayapura (tempat penyeberangan khusus menuju lembaga pemasyarakatan di Pulau Nusakambangan) yang letaknya berdekatan dengan Dermaga Batere.
